多肽保存
多肽一般长期保存需要避光保存，并应保存在-20度以下，短期可以保存在4℃。可以短时间以室温运输。多肽在-20℃很稳定，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中时，在将它们暴露于空气之前， 冷冻干燥多肽可以放于室温自然升温，这将使湿度影响减少，当无法冷冻干燥时，最好的方法是以小的工作样量存放。
对于含Cys, Met or Trp的多肽，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，因为这种多肽容易空气氧化， 在封瓶前，氮气或氩气保护会降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽比较容易降解，所有这些肽与不含这些有问题的简单肽相比，保存期要短。
多肽溶解
溶解多肽是非常复杂的事情，一般很难一下子确定合适的溶剂。通常是先取一点试验，在没有确定合适的溶剂前千万不要全部溶解。
下列方法有助于您选择合适的溶剂：
(1) 判定多肽的电荷特定，设定酸性氨基酸Asp(D),Glu(E)和C端COOH为-1;碱性氨基酸Lys(K),Arg(R),His(H)及N端NH2为+1,其它氨基酸的电荷为0。计算出将电荷数。
(2) 如果净电荷数>0，多肽为碱性，用水溶解：如果不溶解或溶解性不大，加入醋酸(10%以上);如果多肽还不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。
(3) 如果净电荷数<0，多肽为酸性，用水溶解;如果不溶解或溶解性不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。
(4) 如果净电荷数=0，多肽为中性，一般需要用有机溶剂如乙腈，甲醇或异丙醇，DMSO等溶解。还有人建议需要尿素来溶解疏水性很大的多肽。